Publisher's Synopsis
Dieses Buch befasst sich mit den verschiedenen Aspekten der SNPs/Indels-Variationen in den Nachkommenschaftslinien (Tulaipanji x Ranjit) und genetischen Ressourcen von Wildreis Oryza rufipogon. Die Reiskeimlinge wurden anhand von morpho-physikochemischen Eigenschaften, GCMS-Analysen, SEM des Korns und der Stärkekörner beschrieben. Die auf der reversen Genetik basierende TILLING/Eco-TILLING-Technologie wurde für das Allel-Mining vorgestellt. Die NGS-basierte GBS-Methode (Illumina) wurde in dieser Studie eingesetzt, um die SNP- und InDel-Variationen und deren Introgressionsmuster in F5-Nachkommenlinien (P-awn und P-awnless) zu analysieren. Die Gesamtzahl der identifizierten SNPs betrug 52.810 und die der Indels 4327. Diese Varianten waren nicht gleichmäßig über die 12 Chromosomen verteilt (basierend auf Golden Helix G Browser). Die Studie zeigte, dass von den 10013 Allelen 92,52% von Tulaipanji und 7,485 von Ranjit in P-awn introgressiert wurden, im Gegensatz dazu trug P-awnless 89,19% von Ranjit und 10,81% von Tulaipanji. Dies ist auf eine Segregationsverzerrung zurückzuführen. Viele SNP-Variationen sind mit wichtigen Merkmalen verbunden. Dazu gehören GA20-Oxidase (sd1-Gen), Argonaute und Dicer-Protein mit PAZ-Domäne. Fastq-Dateien von vier Reislinien mit den NCBI SRA-Zugangsnummern. SRP077861, SRP077919, SRP077947 & SRP077977.
